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olga:projekte_dna_analyse [2013-12-10 22:32]
humpel
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 **Protokolle:​**{{:​olga:​human_dna_fingerprinting_protocol.pdf|}} **Protokolle:​**{{:​olga:​human_dna_fingerprinting_protocol.pdf|}}
  
-**Vorbereitungen:** Mix aus 9 RAPD Primern hergestellt+ 
 +\\ 
 + 
 +=== Zellen sammeln und auflösen:​=== 
 + 
 + 
 +-Mit Wattestäbchen Schleimhautzellen entnehmen 
 + 
 +-in einem mit Wasser gefüllten Microtube ausschütteln 
 + 
 +-5min bei 4000rpm zentrifugieren 
 + 
 +-Die Zellen sammeln sich am Boden, die Flüssigkeit wird weggeschüttet 
 +-Zellen in 400µl Lysis Buffer auflösen ((50 mM TRIS-Cl pH 8, 10 mM EDTA, 2% SDS)) 
 +    ​*100µl 10x TAE Puffer auf 3ml mit Wasser verdünnnen. 
 +    ​*60mg SDS hinzufügen. 
 +    *Davon dann 400µl nehmen. 
 + 
 +-5 Minuten auf 65° aufheizen (Wasserbad) 
 + 
 +=== Magnetische Dna Beads vorbereiten=== 
 + 
 + 
 +-Magnetische Beads mit 1ml destilliertem Wasser in Microtube mischen 
 + 
 +-Magnet an die Seite des Microtubes halten  
 + 
 +-60 Sekunden warten, bis alle Beads an der Wand gesammelt sind 
 + 
 +-Wasser mit Pipette absaugen und Waschvorgang 3x mit frischen Wasser wiederholen 
 + 
 +-Beads mit 50µl destilliertem Wasser mischen und vortexen 
 + 
 + 
 +=== DNA ausfällen, an Beads binden, waschen: === 
 + 
 + 
 +-400µl einer 70% Isopropanol Lösung zum Microtube mit den Zellen geben 
 + 
 +-Beads-Lösung und Zell-Lösung mischen 
 + 
 +-2-10 Minuten warten 
 + 
 +-Beads mit Magnet an Microtube Wand sammeln, 30-60 Sekunden. 
 + 
 +-Flüssigkeit absaugen 
 + 
 +-800µl 70% Isopropanol zu den Beads hinzufügen,​ 10 Sekunden vortexen 
 + 
 +-Beads mit Magnet an Microtube Wand sammeln, Isopropanol absaugen 
 + 
 +-Waschvorgang midnestens 2x wiederholen 
 + 
 +=== DNA in Lösung bringen: === 
 + 
 + 
 +-20-200µl destilliertes Wasser oder TAE Puffer hinzufügen 
 + 
 +-2-10 minuten warten, mehrmals mischen 
 + 
 +-Beads mit Magnet an Microtube Wand sammeln, 30-60 Sekunden 
 + 
 +-Flüssigkeit mit gelöster DNA absaugen und in neue Microtube 
 + 
 + 
 +=== DNA einfärben(optional):​ === 
 + 
 + 
 +-zu 500µl DNA Löung 50µl Natriumacetat geben (3 M, pH 5,2)  
 + 
 +-Vortexen 
 + 
 +-Zusatz von 6 μl (30 μg) Fällungszusatz Roti PinkDNA 
 + 
 +-Vortexen 
 + 
 +-Zusatz von 1 Volumina Isopropanol 70% 
 + 
 +-Inkubation bei Raumtemperatur für 10 min. 
 + 
 +-Zentrifugation bei 13.000 rpm für 10 min. 
 + 
 +-Überstand sorgfältig abnehmen 
 + 
 +-Waschen des Pellets mit ca. 1 Vol. 70 % Isopropanol 
 + 
 +-Zentrifugation bei 13.000 rpm für 10 min. 
 + 
 +-Überstand sorgfältig abnehmen 
 + 
 +-Anzentrifugieren des Pellets, um das restliche Ethanol in der Spitze des Röhrchens zu sammeln (ca. 10 sec.) 
 + 
 +-Restlichen Überstand sorgfältig abnehmen 
 + 
 +-Trocknen des Pellets bei Raumtemperatur (ca. 3 min.) 
 + 
 +-Resuspendieren in geeigentem Puffer (steriles Wasser, 10 mM Tris-Puffer,​ TE-Puffer) 
 + 
 +  
 +=== PCR: === 
 + 
 + 
 +-2µM Primer (2µl), 25µl OneTaq 2x Mastermix und 23µl DNA Lösung mischen 
 + 
 +-30 Zyklen, jeweils ca. 1 Minute pro Temperaturschritt im Thermocycler durchlaufen lassen 
 + 
 + 
 +=== Gel-Elektrophorese:​ === 
 + 
 + 
 + 
 +-1X TAE Puffer für Gelelektrophorese (500 ml) 
 +   ​*2,​42g Tris in 250ml dH20 lösen 
 +   ​*0,​185g EDTA darin lösen 
 +   ​*0,​57ml Eisessig (17,4M) zugeben 
 +   *Auf 500ml mit dH2O auffüllen 
 + 
 +-Agarosegel (1%) für Kammer(50ml) herstellen 
 +  ​*50ml von 1X TAE Puffer entnehmen 
 +  ​*0,5g Agarose zugeben und in Mikrowelle aufschmelzen 
 + 
 +-in Kammer gießen 
 + 
 +-Gel aushärten lassen und Kammer mit 1x TAE Puffer füllen 
 + 
 +-DNA Lösung, Ladepuffer und DNA Farbstoff mischen  
 + 
 +-Box anschließen und laufen lassen
  
realraum Graz, Brockmanngasse 15, 8010 Graz, realraum - Verein für Technik in Kultur und Gesellschaft
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  • by xro